Clary Fray, la protagonista, está a punto de entrar al "Pandemonium", el club de moda de Nueva York, acompañada de su mejor amigo Simon Lewis, cuando es cautivada por un misterioso y hermoso joven con llamativo cabello azul.

En la pista de baile, se encuentra con el mismo joven de la entrada, a quien sigue hasta un rincón del club donde otra extraña muchacha extremadamente bella roba su atención. Dos chicos los siguen tras las paredes del lugar hasta el almacén. Entonces, asustada, Clary llama a su amigo Simon para que buscara a los guardias del club y persigue a los extraños, a quiénes descubre nadie puede ver.
Clary entra al almacén cuando, deliberadamente, protege al joven de la entrada de los extraños. Viendo la oportunidad, el chico de cabello azul trata de escaparse, cuando es asesinado por uno de los extraños. Cuando el cadáver desaparece ante sus ojos, está ahora segura que nada está bien.
Al siguiente día, Jocelyn, la madre de Clary, le dice que deben pasar el verano lejos de Brooklyn, Nueva York, por una temporada. Enojada y en negación, Clary sale despavoridamente junto con Simon al Java Jones, donde se presentará un amigo de Simon. Ahí mismo, mientras Simon trata de confesar sus verdaderos sentimientos amorosos a Clary, ella vuelve a ver a uno de los extraños "asesinos" de la noche anterior.

 Simon se burla de su imaginación, aunque ella asustada sale y lo intercepta para obtener respuestas del extraño. Él se presenta como Jace Wayland, un Nefilim, mejor conocido como Cazador de Sombras.
Tras una llamada turbulenta de su madre donde le advierte que por ningún motivo debe volver a casa, Clary decide, desesperadamente, regresar. Jace decide acompañarla.
Al llegar, el apartamento está saqueado y destruido. Un demonio rapiñador ataca a Clary, quien logra defenderse, hasta que Jace lo mata. Viéndola herida, la lleva al Instituto de Nueva York, donde se arriesga a dibujar una runa sobre ella, a pesar que las runas solo pueden ser dibujadas sobre Cazadores de Sombras, ya que podrían quemar la piel humana. Al resistir la runa, Jace confirma sus sospechas: Clary es una Cazadora de Sombras.

En el instituto, hogar y lugar de entrenamiento de los Cazadores de Sombras, Clary aprende del Mundo de las Sombras y de los Nefilim, una antigua raza mitad humana y mitad ángel creada mediante la mezcla entre la sangre del Ángel Raziel con la humana en la Copa Mortal; que usan marcas en el cuerpo, llamadas Runas, grabadas mediante estelas, para dotarlos de capacidad extrahumanas, para proteger a la humanidad de la infestación de demonios en la Tierra. Conoce también a Isabelle y Alec, los hermanos Lightwood. Y a Hodge, el tutor del instituto.
Con la sospecha desaparecida, Clary también aprende que su madre, al igual que ella y sus recién conocidos, es una Cazadora de Sombras. Para poder salvarla, necesita encontrar la Copa Mortal, buscada también desesperadamente por Valentine Morgenstern, el mismo hombre que envió el demonio al apartamento de Clary al pensar que la Copa Mortal estaba en posesión de su madre, con la que más Cazadores de Sombras pueden ser creados a partir de mundanos (humanos). Valentine busca crear más filas de Nefilim después de que miles de años de lucha han reducido los números de Cazadores, para erradicar no solo a los demonios, sino a los subterráneos (Hombres Lobo, Vampiros, Hadas, Brujos) que son humanos mitad demonios y para vengarse de la Clave, el "gobierno" de los nefilim, que rige desde la Ciudad de Cristal, Alacante, en el país natal de los nefilim, Idris.
Simon decide unirse Clary en la búsqueda de su madre, por lo que Jace y los otros le permiten ver su mundo a regañadientes y, de algún modo, ayudarles.